清朝最短命的黄帝——同治皇帝，享年19岁，有人说他是被慈溪害死的，有人说他是死于天花，他的死因主要有5种说法。
1.死于“淫创”，即花柳病。《清朝野史大观》卷一《清宫遗闻》中说:“孝哲后，崇绮之女，端庄贞静，美而有德，帝甚爱之，以格于慈禧之威，不能相款洽，慈禧又强其爱所不爱之妃(指将军凤秀之女)，帝遂于家庭无乐趣矣，乃出而纵淫，...专觅内城之私卖淫者取乐焉。....久之毒发，始犹不觉，继而见于面，盎于背。”“太医知为淫毒，而不敢言，遂以治痘药治之，不效。”此外，蔡东藩的《清史演义》也持这种说法。
孝哲后2.死于“痈疽”，俗称毒疮。李慈铭在《越缦堂日记》中说:“同治十三年十二月酉刻，上崩。先是十一月朔，....上旋患痈，项背皆一，皆脓溃，先十日已屡昏，殆不知人。”《清宫遗闻.同治帝之殊趣》中也说“其病实染毒疮”。查《辞典》，痈又名痈疽，发病原因与疖子相同，一般多由葡萄状球菌侵人毛囊汗腺的周围所引起，唯范围较大，恰如多数疖子骤生于一处，多生于项背及臂部，小者如栗子，大者如手掌，疮口甚多，疼痛异常，此症在初起时，须速就医诊治，迟则易陷于危险。这个解释同李慈铭的记载比较接近。
3、死于天花。插同稣就持这种说法。他在日记中写道:“十一月初二日.入至内务府大臣处，...见御医李德立、庄守和脉按言，天花三日，脉细口渴，腰疼耳脓，四日不得大便，项颈稠密色滞干艳，证属重险，不思食，咽痛作呕。”翁同穌是弘德殿行走，同治帝授读师傅，从同治帝发病到去世，曾多次奉命前往探视，他说的“天花三日”、“花极稠密，都是亲眼所见，其记载当然可靠。无独有偶，就在同治帝病死的当月二十九日，大公主(慈安太后所生之女)也因天花“薨死”了。可见当时宫内流行天花确有其事。此外《清朝野史大观》卷一《穆宗微行》一节中也说:“帝以痘疾竟至不起，人疑其为花柳病者以此。”也说明同治帝系因天花而死，所谓死于花柳病纯系疑误。
李德立4.死于天花、梅毒加纵欲。同治帝喜欢出宫嫖妓，不幸染上梅毒，那年北京又流行天花病，祸不单行的同治帝又染上了天花，双重打击使同治身体极度虚弱，生命危在且夕。幸亏御医一日数次为同治把脉调理，同治的病情才开始好转。如果同治此时能坚持医嘱，息心调养，说不定清朝的历史将改写。可惜同治皇帝色欲太重，最终断送了的性命问题出在“性”事上。有一天慧妃前来探病，这个慧妃生性淫荡，轻佻无比，当她看见皇上病情刚刚好转，便殷勤献媚，卖弄风骚。同治本来就是一个好色之徒，加上他在病中已很久没碰过女人，此时看见风骚的慧妃立刻淫心荡漾，不顾床前还站着太监，立刻搂住慧妃，想就地交欢。
此时，如果慧妃真心为皇帝考虑一定会婉言拒绝。但她却没这样做，而是迫不及待地和同治在太监面前即时性交直到同治发泄完性欲方才罢休。慧妃之所以不计皇帝安危，一是因她生性淫荡、遇有交欢的机会便求之不得;二则她平时很难有机会得到皇帝的宠幸，一旦有机会便会抓住不放。万一生下龙子便可改变她的地位，这种性交的机会对她来说稍纵即逝，因此，皇帝的安危便顾不得了，因为她如果不抓住这个机会，皇帝也可能宠幸别的女人，自己不但丧失了机会还可能成就别的女人，如此，她便不假思索迎合了皇帝的性要求。这既是同治好色结出的悲剧，也是皇权统治下女人悲剧命运带给同治的悲剧。天花病最忌性事，淫乐刚刚结束同治已是汗如雨下，气喘吁吁，神色大变，慧妃此时也已吓得半死。此后几天，虽经御医悉心调理，但已回天乏力，终于丢掉了自己的性命。
5.直接死于慈禧太后之手。除了上述四种死于疾病的说法外，还有一种说法，即同治帝死于西太后慈禧之手。费行简在《慈禧传信录.穆宗致命》一节中说:“王庆祺(同治帝师傅、昭仁殿行走)革斥后，辄语人云，穆宗亲政后，太后仍多干涉，乃请修园为顾养计，意在禁隔，使勿再干政耳，竟为太后所觉，遂致奇变。”金梁的《四朝轶闻》也都这样说。金梁说:“此说出自庆祺口，虽似妄言，证以沃丘(费行简)所述，则淫贪专恣之妇，其子固已先嫉之，不待后来德宗(光绪帝)戊成围劫颐和园之谋。”从西太后一生之残暴淫恶、凶狠毒辣以及后来她对光绪帝强加之一生不幸的遭遇来看，这一说法似乎有一定道理，但只是附会臆想，并无事实根据。
从某种程度上说西太后干涉同治帝行政是可能的，说她因此而亲手杀死自己的亲生儿子，虽然也有可能，比如她想效法武则天，但这种说法的可能性不大。官闱内幕，讳莫如深。同治帝究竟死于何病，尚待人们作进一步考证。